A Microsoft az otthoni bajok után további gondokkal nézhet szembe, mivel az Európai Bizottság ma figyelmeztetésben részesítette. A Bizottság véleménye nagyon hasonló az amerikai anti-tröszt per vádjaihoz, mivel a szervezet szerint az óriáscég felhasználta az ipari erejét, hogy előnyökhöz juthasson az európai szerver piacon. A Microsoft elmondta, hogy a figyelmeztetésre már számítottak, mivel nem tudták meggyőzni a Bizottságot, hogy nem sértették meg a szabályokat. Az európai jog szerint a büntetés maximum 10%-a lehet a bevételnek, de ilyen büntetésre eddig még nem volt példa. Az EU eljárás mögött a szintén amerikai Sun Microsystems áll, amely azt állítja, hogy a Microsoft megsértette az uniós anti-tröszt szabályokat, mivel alapvető információkat tartott vissza a Windows operációs rendszeréről. "A Windows 2000 februári kibocsátása volt a végső fázisa annak a Microsoft törekvésnek, hogy megfossza a versenytársait nélkülözhetetlen hálózati információktól (mint pl. interfész specifikációk, stb.), és ezzel másokat lehetetlen helyzetbe hozzon." - nyilatkozta Scott McNealy a Sun elnöke.